A edificação do Forte de São Joaquim teve início em 1775, sob orientação de seu primeiro comandante, o capitão Felipe S’Turn. A ordem de construção da fortaleza às margens do rio Branco – à margem esquerda do rio Tacutu, à altura da confluência deste com o rio Uraricoera, ambos formadores do rio Branco – tinha sido dada, em 14 de novembro de 1752, por Provisão Régia, por dom José I, soberano português, ao na época governador e capitão-general do Grão Pará, Francisco Xavier de Mendonça Furtado.
Em 1778, foi concluída a construção do pequeno forte, que tinha a forma de um paralelogramo, com o lado maior voltado para o rio. Inicialmente foi artilhado com dez canhões (duas peças fundidas em Belém). Em 1786, deu-se ao coronel Manuel da Gama Lobo D’Almada a incumbência de reconhecer e mapear o vale do rio Branco, visando ao estabelecimento da defesa dessa região.
Em fins de 1900, o forte foi desativado. Toda a pujança, em alguns anos, virou ruínas. Muitas pedras foram utilizadas em outras edificações, como foi o caso da construção, pelo Serviço de Proteção ao Índio, do prédio da Fazenda São Marcos, em 1944.
Somente quando o Brasil comemorava os 500 anos do Descobrimento é que o Forte São Joaquim recebeu novo alento, sendo palco histórico de uma homenagem prestada pelo CFRR/7º BIS.
D. Joseph, por graça de Deus rei de Portugal, e dos Algarves d’aquem e d’alem mar, em África de Guiné etc. Faço saber a vós, Francisco Xavier de Mendonça, governador e capitão-geral do Pará, que, tendo-me sido presente que pelo rio Essequebe, têm passado alguns hollandezes das terras de Suriname ao rio Branco, que pertence aos meus domínios, e commettido n’aquelas partes alguns distúrbios: Fui servido ordenar, por resolução de 23 de outubro deste anno, tomada em consulta do meu conselho ultramarino, que sem dilatação alguma se edifique uma fortaleza nas margens do dito rio Branco, na paragem que considereis ser mais própria, ouvidos primeiro os engenheiros que nomeares para este exame, e que esta fortaleza esteja sempre guarnecida com uma companhia do Regimento Macapá, a qual se mude annualmente. E aos ditos engenheiros fareis visitar outras paragens, e postos dessa companhia de que à defensa seja importante, particularmente das que forem mais próximas às colônias, e estabelecimentos estrangeiros, para formarem um distincto mappa das fortificações, que julgarem conveniente, o qual remettereis com o vosso parecer, declarando ao mesmo tempo a fortificação de que necessitarem as cidades do Pará e Maranhão, e as suas barras. El-Rey nosso senhor o mandou pelos conselheiros do seu conselho ultramarino abaixo assignados, e se passou por duas vias. Theodosio de Cabelos Pereira a fez em Lisboa a quatorze de novembro de mil setecentos e cincoenta e dous. O conselheiro Diogo Rangel de Almeida Castello Branco a fez escrever, Thomé Joaquim da Costa Corte-Real. – Fernando Joseph Marques Bacalhão.”
(Extraído da revista do Instituto Histórico e Geográfico do Brasil, volume 24, página 657 – Descrição relativa ao rio Branco e seu território por Manuel da Gama Lobo D’Almada, 1787).